$APPLICATION->SetAdditionalCss(SITE_TEMPLATE_PATH."/css.css"); //стили
$APPLICATION->AddHeadScript(SITE_TEMPLATE_PATH."/script.js" ); //скрипты
SITE_TEMPLATE_PATH - путь до папки используемого шаблона Битрикс, можно писать абсолютный путь: $APPLICATION->SetAdditionalCss("/css.css");